MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_2

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017320	GTG	2	6	3	8	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017320	T	6	6	13	18	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017320	CGAA	2	8	41	48	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017320	CAGC	2	8	111	118	25 %	0 %	25 %	50 %	384541570
5	NC_017320	GCG	2	6	143	148	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541570
6	NC_017320	GAC	2	6	169	174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541570
7	NC_017320	AGA	2	6	179	184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541570
8	NC_017320	TGG	2	6	194	199	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541570
9	NC_017320	GAA	2	6	207	212	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541570
10	NC_017320	TGA	2	6	257	262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541570
11	NC_017320	ACAA	2	8	384	391	75 %	0 %	0 %	25 %	384541570
12	NC_017320	AAC	2	6	398	403	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541570
13	NC_017320	CAG	2	6	429	434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
14	NC_017320	AGC	2	6	544	549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
15	NC_017320	AGC	2	6	577	582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
16	NC_017320	CAG	2	6	597	602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
17	NC_017320	AAGC	2	8	606	613	50 %	0 %	25 %	25 %	384541571
18	NC_017320	CA	3	6	642	647	50 %	0 %	0 %	50 %	384541571
19	NC_017320	GAT	2	6	662	667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541571
20	NC_017320	CTGG	2	8	751	758	0 %	25 %	50 %	25 %	384541572
21	NC_017320	TACGC	2	10	918	927	20 %	20 %	20 %	40 %	384541572
22	NC_017320	GCC	2	6	1025	1030	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541572
23	NC_017320	AAT	2	6	1235	1240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541572
24	NC_017320	A	6	6	1270	1275	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017320	AAAG	2	8	1296	1303	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017320	AG	3	6	1302	1307	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017320	AGG	2	6	1315	1320	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017320	AGG	2	6	1336	1341	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017320	A	7	7	1382	1388	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017320	GGC	2	6	1429	1434	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017320	A	7	7	1444	1450	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017320	TAT	2	6	1459	1464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017320	TAA	2	6	1490	1495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017320	TATC	2	8	1524	1531	25 %	50 %	0 %	25 %	384541573
35	NC_017320	TTA	2	6	1552	1557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
36	NC_017320	T	6	6	1564	1569	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
37	NC_017320	CTTTT	2	10	1570	1579	0 %	80 %	0 %	20 %	384541573
38	NC_017320	ATTTTT	2	12	1649	1660	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384541573
39	NC_017320	T	7	7	1656	1662	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
40	NC_017320	TGT	2	6	1693	1698	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
41	NC_017320	TTG	2	6	1729	1734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
42	NC_017320	ATT	2	6	1800	1805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
43	NC_017320	CAA	2	6	1819	1824	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541573
44	NC_017320	A	7	7	1823	1829	100 %	0 %	0 %	0 %	384541573
45	NC_017320	TAT	2	6	1831	1836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
46	NC_017320	T	7	7	1849	1855	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
47	NC_017320	TCT	2	6	1860	1865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541573
48	NC_017320	TTA	2	6	1926	1931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
49	NC_017320	ACCAA	2	10	1949	1958	60 %	0 %	0 %	40 %	384541573
50	NC_017320	TGA	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
51	NC_017320	CAT	2	6	1999	2004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541573
52	NC_017320	GT	3	6	2036	2041	0 %	50 %	50 %	0 %	384541573
53	NC_017320	AGA	2	6	2062	2067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541573
54	NC_017320	GTT	2	6	2071	2076	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
55	NC_017320	T	6	6	2090	2095	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
56	NC_017320	ATA	2	6	2098	2103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
57	NC_017320	TCC	2	6	2151	2156	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541573
58	NC_017320	TA	3	6	2163	2168	50 %	50 %	0 %	0 %	384541573
59	NC_017320	ACC	2	6	2357	2362	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541573
60	NC_017320	ATG	2	6	2374	2379	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
61	NC_017320	GTT	2	6	2432	2437	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
62	NC_017320	T	7	7	2450	2456	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
63	NC_017320	AATA	2	8	2516	2523	75 %	25 %	0 %	0 %	384541573
64	NC_017320	T	6	6	2535	2540	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
65	NC_017320	TAT	2	6	2552	2557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
66	NC_017320	ATG	2	6	2668	2673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
67	NC_017320	A	8	8	2677	2684	100 %	0 %	0 %	0 %	384541573
68	NC_017320	ATA	2	6	2716	2721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
69	NC_017320	A	7	7	2721	2727	100 %	0 %	0 %	0 %	384541573
70	NC_017320	CAA	2	6	2728	2733	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541573
71	NC_017320	T	9	9	2749	2757	0 %	100 %	0 %	0 %	384541573
72	NC_017320	ATG	2	6	2782	2787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
73	NC_017320	GTA	2	6	2818	2823	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
74	NC_017320	AT	3	6	2857	2862	50 %	50 %	0 %	0 %	384541573
75	NC_017320	TGC	2	6	2905	2910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541573
76	NC_017320	AAT	2	6	2957	2962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
77	NC_017320	TTTTAT	2	12	2978	2989	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384541573
78	NC_017320	AAT	2	6	3023	3028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
79	NC_017320	T	9	9	3055	3063	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017320	G	6	6	3064	3069	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017320	GTT	2	6	3071	3076	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017320	AATA	2	8	3078	3085	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017320	TAAGT	2	10	3139	3148	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017320	ATT	2	6	3224	3229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017320	CAA	2	6	3230	3235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017320	TAT	2	6	3247	3252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017320	T	6	6	3255	3260	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017320	TTCCAT	2	12	3341	3352	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017320	CCT	2	6	3361	3366	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_017320	AC	3	6	3489	3494	50 %	0 %	0 %	50 %	384541574
91	NC_017320	A	6	6	3587	3592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017320	GCTG	2	8	3699	3706	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017320	GTT	2	6	3737	3742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017320	CTG	2	6	3794	3799	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017320	GTG	2	6	3812	3817	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017320	TGGC	2	8	3832	3839	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017320	GCA	2	6	3922	3927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017320	CCTA	2	8	4042	4049	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_017320	A	7	7	4087	4093	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017320	TAC	2	6	4164	4169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017320	ACC	2	6	4243	4248	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_017320	ATG	2	6	4285	4290	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541575
103	NC_017320	AAC	2	6	4291	4296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541575
104	NC_017320	GCC	2	6	4394	4399	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541575
105	NC_017320	GGT	2	6	4494	4499	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017320	ATAA	2	8	4520	4527	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017320	GAAT	2	8	4632	4639	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017320	ACA	2	6	4715	4720	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017320	T	7	7	4740	4746	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017320	TAT	2	6	4770	4775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017320	GAA	2	6	4880	4885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541576
112	NC_017320	TGAA	2	8	4921	4928	50 %	25 %	25 %	0 %	384541576
113	NC_017320	T	7	7	5075	5081	0 %	100 %	0 %	0 %	384541576
114	NC_017320	AGA	3	9	5108	5116	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541576
115	NC_017320	GAA	2	6	5159	5164	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541576
116	NC_017320	AGT	2	6	5187	5192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017320	TACC	2	8	5236	5243	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_017320	GAA	2	6	5315	5320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541577
119	NC_017320	CATG	2	8	5388	5395	25 %	25 %	25 %	25 %	384541577
120	NC_017320	GGT	2	6	5435	5440	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541577
121	NC_017320	TTG	2	6	5441	5446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541577
122	NC_017320	A	6	6	5542	5547	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017320	T	6	6	5560	5565	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017320	GCT	2	6	5626	5631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541578
125	NC_017320	T	6	6	5631	5636	0 %	100 %	0 %	0 %	384541578
126	NC_017320	TGCCA	2	10	5652	5661	20 %	20 %	20 %	40 %	384541578
127	NC_017320	TTG	2	6	5733	5738	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541578
128	NC_017320	TTG	2	6	5834	5839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541578
129	NC_017320	T	7	7	5879	5885	0 %	100 %	0 %	0 %	384541578
130	NC_017320	T	6	6	5947	5952	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017320	GGT	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541579
132	NC_017320	TCT	2	6	6060	6065	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541579
133	NC_017320	T	7	7	6074	6080	0 %	100 %	0 %	0 %	384541579
134	NC_017320	A	6	6	6109	6114	100 %	0 %	0 %	0 %	384541579
135	NC_017320	GGT	2	6	6126	6131	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541579
136	NC_017320	CAG	2	6	6182	6187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541579
137	NC_017320	CCA	2	6	6233	6238	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541579
138	NC_017320	CAC	2	6	6256	6261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541579
139	NC_017320	GCT	2	6	6298	6303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541579
140	NC_017320	GCA	2	6	6366	6371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_017320	G	6	6	6384	6389	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017320	CCA	2	6	6527	6532	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541580
143	NC_017320	CCA	2	6	6573	6578	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541580
144	NC_017320	G	6	6	6613	6618	0 %	0 %	100 %	0 %	384541580
145	NC_017320	CGC	2	6	6726	6731	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_017320	AT	3	6	6776	6781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017320	CTG	2	6	6797	6802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_017320	GCC	2	6	6813	6818	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_017320	T	6	6	6819	6824	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.